但后来跟直系的吴佩孚关系越来越紧密，护卫团就加入了吴佩孚的军队，并且大师兄妙兴还被任命为团长。
而在后面吴佩孚和冯玉祥的战争中，吴佩孚的手下大将樊钟秀甚至还把司令部都设在少林寺。所以少林寺的立场已经改变，直接参与到了军阀混战中。
再后来，大师兄妙兴战死，樊钟秀溃败，冯玉祥手下大将石友三率兵追击，又是少林寺护卫团和少林众僧人屡次阻击石友三，导致樊钟秀脱逃。
于是石友山大怒，直接炮轰少林寺，把少林护卫团和众僧人全打散，四处奔逃，寺中空无一人。
此时，附近部分对少林寺有怨恨的佃农，看到寺内人等全部跑光，便进入寺院，将厨房里的油缸，抬出来放在大殿明柱上点燃焚烧，之后石友三更是亲自去放火焚了少林寺的法堂。
第二天，冯玉祥的另外一个将领苏明启把少林寺的另外一些建筑都浇上煤油，大火轰轰烈烈，天王殿、大雄殿、紧那罗殿、六祖殿、阎王殿、龙王殿、钟鼓楼、香积厨、库房、东西禅堂、御座房等处，尽付一炬。共计烧毁296间，未毁的尚余101间。
至此，千载少林寺之精华，悉遭火龙浩劫！
周文最后目光灼灼的看着妙花说道：“这其中的是非曲折，师兄还看不透吗？到底谁才是毁了少林的罪魁祸首？
是人心啊，是沾惹尘埃的修佛之心，是尘世间的虚华和功利。如果师兄还要着于复仇的执念，小弟就陪着师兄去。
咱们先杀石友三，再去杀冯玉祥和苏明启，最后把那些佃农也一个个杀了，再去把恒林大师和妙兴师兄的.......”
“别说了，师弟，求你别说了。”妙花早就泪流满面，体净更是在旁嚎啕大哭。
周文眼圈也红了，站起来大声说道：“我想留下你们，就是不愿师兄你们把仇恨背负一生，更不愿你们像狗一样被人撵得满世界跑，最不愿是你们最后被人打死，饿死。” 说到真情处，两行泪也流了出来......
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